När jag öppnar en NEF ser den alltid mörkare ut än jpeg-varianten i Camera Raw. Får alltid spaka rejält mycket, framför allt i brightness. Upplever samma sak med alla objektiv.
Det är inte mycket men jag upplever de som mörkare och alltid underexponerade. Kolla den här länken för exempel: http://www.junsele.com/viewpic.asp?id=93163

Har kameran inställd med allt på 0.

Det finns ingen direkt koppling mellan din NEF-fil och din kamerajusterade jpg-fil i ACR. Det är bara Nikons egna programvaror som läser av vad du ställt in kameran på (förutom vitbalansinställningen).
Gör en grundjustering i ACR som du vill att bilden ska se ut och spara de inställningarna som nya defaultvärden.