Hej,
Jag har fotograferat genom mikroskop sedan ett antal år och har koll på de flesta metoder och tekniker för att koppla ihop kameror och mikroskop.
Se ett urval av mina bilder här:
http://www.flickr.com/micromundus
Eller på Instagram: @micromundusphotography
Jag har kört Canon i flera år och de flesta av mina bilder på Flickr är med en Canon 6D. Med din 5D MKIII kommer du att kunna få likvärdig kvalitet (om du köper ett bra mikroskop...). Det största problemet med DSLR är att de vibrerar en del vilket kan skapa oskärpa vid vissa slutartider pga vibration. Det är särskilt påtagligt om man använder högre förstoring och kanske i kombination med oljeimmersionsobjektiv där vibrationerna kan fortplantas sig obehindrat från kamera till objektiv och sedan till preparatet.
Jag skulle rekommendera dig att inte fotografera genom okularen. Det är knepigt och blir sällan bra. Dessutom är en Canon 5D väldigt tung och du måste i så fall ha något stativ som håller den i rätt position. Bättre är då att köpa ett sk. "trinocular head" till mikroskopet så du får ett tredje hål som just är avsett för kamera. Sedan använder du en adapter med en inbyggd fotolins för att projicera bilden direkt på sensors. Du behöver alltså inget vanligt objektiv på kameran utan kopplar huset direkt till mikroskopets foto-port. De flesta professionella mikroskop, t.ex. Olympus är gjorda för att projicera på en fullformatssensor så din 5D är perfekt.
Vet inte hur mycket pengar du har tänkt investera i utrustning, men en vettig start är ett mikroskop från Olympus BH-serien. De är relativt överkomliga i pris och håller hög klass på optiken. Ska du fotografera med kvalitet så behöver du satsa på APOkromatiska objektiv. De är färgkorrigerade vid 4-5 våglängder och ger minimal kromatisk och sfärisk aberration. Billigare objektiv är ofta benämnda PLAN och är mest använda för kliniskt bruk, t.ex. på sjukhus och lab där det viktiga är att skilja på olika former etc, men kanske inte producera bilder för att publicera i fotosidan galleri.
Beroende på vad du avser fotografera så måste du bestämma dig för vilken förstoring objektiven du ska använda har. Ett stereo-mikroskop har "zoom", men ger då max förstoring på runt 60X. Ett vanligt mikroskop (Compound) har inga zoomar utan det är ett unikt objektiv för varje förstoring. Du kan i bästa fall komma upp i en förstoring runt 1400 gånger, men då krävs väldigt dyra objektiv. Om du tittar på min Flickr-sida så står det vilket objektiv jag har använt för varje bild. Det ger en vägledning vad du behöver. Normalt har man 4X, 10X, 20X, 40X och 100X. Kanske också ett 60X om man tycker man har råd. Nya objektiv är väldigt dyra, så ebay är det enda rimliga alternativet. Det finns en uppsjö av specialobjektiv till mikroskop så man måsta vara väldigt påläst så man får rätt typ. Det är lätt att man köper fel. Olika belysningstekniker kräver olika objektivtyper, t.ex. faskontrast, DIC, EPI, etc.
Du behöver ingen speciell rack/rail eller annat för fokusstackning. Mikroskopen har finjustering av objektivets förflyttning i Z-led och dessutom ett korsbord för X och Y förskjutning. Man fokus-stackar genom att förflytta objektivet i Z-led i små steg. Ofta runt 0.5 µm vid höga förstoringar. Ofta kan en stack bli runt 20-80 exponeringar. Ibland ännu mer.
Bor du i Stockholm är du välkommen att hälsa på så kan jag visa dig live hur ett komplett system fungerar och ser ut.