Ja, eftersom huset försöker korrigera efter en känd kurva (som den får meddelad genom kommunikationen objektiv/hus). Stackar man två teleconverters så får huset "bara" reda på den första. Jag skulle gissa på att det fungerar "bättre" om man sätter 2x-TC närmast huset och 1.4 mot objektivet.
Objektivet lämnar sin del av informationen på com-pinne 6 (DLC), och TC'n berättar att den är en "2x" genom att korta mellan pinne 9-11 (com1 - ext1). Pinnarna 9-10-11 finns nog inte på tuben.
Nu är det inte möjligt att stacka Canons telekonverterare på annat sätt än att 1,4x hamnar närmast huset (om man inte använder en mellanring), sedan är det uppenbarligen objektivet som detekterar vilken telekonverter det är. Detta då pinnarna 9-10-11 bara finns på vissa objektiv (de som kan ta telekonverterare?), pinnarna finns dessutom bara på objektivsidan av telekonverteraren. Kamerahus och vanliga objektiv saknar dessa pinnar helt, så även mina Kenko mellanringar.
Efter att ha mätt och läst på lite kan jag konstatera att konverterarna kodas på följande sätt, är alla tre pinnarna kortslutna har vi en 1,4x konverter, är pinnarna 9-11 kortslutna har vi en 2x konverter och slutligen har vi pinnarna 9-10 kortslutna har vi en "life size converter EF" för 50/2.5 makro. Det är frågan om en ren kortslutning, inget motstånd eller diod. Funderar nu hur Canons mellanringar ser ut, har de 8 eller 11 pinnar?
Resultatet blir i vilket fall att kameran bara får uppgift om telekonverteraren närmast objektivet, och kombinationen får f/4 som största bländare.
Problemet i ditt fall är ganska naturligt när jag tittar på det en gång till...

Ibland blir man lite fartblind. Objektivet meddelar att det är en F/2.0, och kameran försöker därmed använda F/2.8-sensorerna också. F/4 kan vara lite på gränsen för vad vinklarna på F/2.8-sensorerna kan ta, och därför har du problem med den. Om TC'n hade fått berätta att den finns så hade kamerahuset inte använt F/2.8-sensorerna, utan bara F/5.6-sensorerna - och då hade det nog inte varit ett problem.
Du får använda "focus-recompose" med en av sidosensorerna i stället om du inte kan lösa kommunikationsfrågan... (5D2 har ju bara en 2.8-känslig sensor - den i mitten. Eller ja, egentligen har den tre om man räknar stödpunkterna, men det berättar inte kameran nåt om).
Då kameran ser kombinationen som ett objektiv med största bländare f/4 faller ditt resonemang, resultatet är dessutom det samma oberoende av använd fokuspunkt. Fokus gafflas in med säkert ett dussin iterationer, och till sist träffar skärpan faktiskt rätt.
Testar jag att montera telekonverterarna i omvänd ordning med en 12 mm mellanring emellan så rapporterar kameran som förväntat f/2.8 som största bländare, men autofokus är nu helt åt skogen oavsett fokuspunkt.
Det intressanta är att fokuseringen nu tydligt sker i två steg, det första steget säger att objektivet är i fokus (fast då med kraftigt framfokus) det andra steget korrigerar inställningen (som om kameran detekterat att objektivet inte har rört sig korrekt) men sätter i själva verket bara fokus ännu mera fel. För att utesluta att kombinationen av optiska orsaker inte skulle gå att fokusera alls, testade jag att fokusera manuellt vilket gick utan problem.
Som bonusinfo lärde jag mig att det på pinne 4 (VDD) sitter en liten brytare i bajonetten, som gör att spänningen bara släpps på när det sitter ett objektiv på konverteraren. Denna brytare saknas i Kenkos mellanringar, varför det kan vara idé att montera ringarna på objektivet och inte på kamerahuset för säkerhets skull.