Jag ger mig på ett förhoppningsvis kort svar gällande bara skillnaderna:
Fördel D90: förvisso plast i finish men lite bättre material rakt igenom med delvis metallchassi under, bättre större ljusare sökare med glasprisma (pentaspegel i D5100) som är en fördel vid manuell fokus och komponering, trådlös blixtstyrning (ej i D5100), mer reglage för direktåtkomst av inställningar med bl a två inmatningshjul (ett i D5100), inbyggd fokusmotor för icke AF-S objektiv.
D5100: bättre sensor på alla sätt, vridbar TFT, mindre kamera (bra/dåligt?), ger AF men långsam i live view/filmning (dock väldigt långsam), 25bps filmläge (bra för PAL).
Båda tycks ha samma AF modul om jag minns rätt - 11 punkter, korsformad mittsensor.
Vilken skall man välja? Har man icke AF-S objektiv är valet enkelt - D90. MF är svårt med DX sökaren (men givetvis lättare med live view och stativ). Annars har D5100 mycket som talar för sig med vridbar TFT som går att fälla in för skydd under transport/resa och den fina sensorn som tycks vara samma på alla sätt som den i D7000. Skall man ändå ha en mycket tåligare kamera skall man nog snegla minst på D7000 eller D300/s och inte på D90.