Ok, såhär fungerar det för mig.
Det är objektet som blir smart, dvs det lager som innehåller pixlar t ex din bild som du börjar med. I detta objekt ligger lager med filter som du kan gå tillbaka till och ändra på i efterhand, på så sätt är de smarta.
Lägger du däremot en kopia av bilden ovanpå den första och sedan applicerar något nytt filter kommer bara detta att synas, om du inte använder en mask på hela det lagret eller justerar opaciteten.
Så det är för det mesta ingen vits att göra flera lager med smarta objekt om det inte är något väldigt avancerat du är ute efter.
Hoppas detta förklarade något, och rätta mig gärna om jag har fel. Smarta objekt har verkligen sina begränsningar, ibland får man använda det så långt det går och sedan retirera till lösningar som fungerar för just det man vill åstadkomma, även om det kanske inte går att ändra i lika lätt i efterhand.